В 1977 году поступил в Московский Архитектурный Институт (МАрхИ). Во время учёбы на дневном отделении работал в различных проектных институтах, в том числе — в 1980—1981 годах — в 6-й мастерской института «СПЕЦПРОЕКТРЕСТАВРАЦИЯ», где принимал участие в экспедициях по выявлению и обмерам памятников деревянного зодчества Карелии. В то же время организовал в МАрхИ несколько студенческих экспедиций в Карелию, Архангельскую область и на Кольский полуостров по программе «Север».
В 1981 году возглавлял студенческий строительный отряд МАрхИ, занимавшийся реставрацией Воскресенской церкви в селе Сусанино Костромской области, памятника архитектуры XVII века, известного по картине А. Саврасова «Грачи прилетели». Дипломная работа получила Диплом Первой Степени Союза Архитекторов СССР на Всесоюзном конкурсе дипломных проектов архитектурных ВУЗов.
После окончания в 1983 году института, последующей службы в армии и непродолжительной работы в одном из проектных институтов Москвы, в 1886 году был назначен главным архитектором города Когалым Ханты-мансийского Округа Тюменской области.
В 1987 году создал Творческое Объединение при Архфонде Союза Архитекторов СССР и с этого времени занимался самостоятельной творческой и производственной деятельностью, сосредоточив свои усилия на реставрации памятников архитектуры, но в большей степени на проектировании и строительстве новых храмов. Под его авторским руководством было разработано и реализовано много оригинальных проектов православных храмов, часовен, домов причта, целых храмовых комплексов, ярких образцов современной церковной архитектуры.
В 1994 году зарегистрировал «Товарищество реставраторов», в 2004 году — «Мастерские Андрея Анисимова». Этими организациями велись работы по реставрации, консервации, воссозданию многих памятников архитектуры как по собственным проектам (под руководством заслуженного архитектора России Н. Д. Недовича, научного руководителя данных организаций), так и в сотрудничестве с ведущими архитекторами — реставраторами России: Степановой Е. В., Журиным О. И., Шараповым В. Н., Шитовой Л. А., Демидовым С. В., Быковской Н. А., Орловским С. П. и многими другими.
В 2014 году выступил инициатором и одним из соучредителей Гильдии храмоздателей и был избран председателем Правления Гильдии.